pH值测试
水质检测中最基础也是最重要的一项就是pH值测试。pH是指溶液酸碱度的量度，范围从0到14，7为中性，低于7为酸性，高于7为碱性。在自然环境中，大多数河流和湖泊的pH值介于6.5至8.5之间，这样的pH范围对于大部分生物来说是适宜的。然而，一些工业排放或人工干扰可能导致水体pH严重偏离自然状态，对鱼类和其他生物造成生理损害。
确定悬浮物含量
悬浮物包括泥沙、细菌等，它们不仅影响水体透明度，还会降低水分子间作用力，使得难以进行有效过滤与净化。如果悬浮物含量过高，将会对饮用水处理设备造成磨损，加剧污染物浓度，从而对人类健康构成威胁。
测定化学需氧量（COD）和生物需氧量（BOD）
COD代表在一定条件下消耗一定时间内所需氧气总额，而BOD则是指在标准实验室条件下微生物有机污染物消耗的吸收氧气数量。这两种参数可以反映出有机污染物在自然界中的分解速度以及其对生态系统造成破坏程度。通过这些数据，可以判断是否存在工业废料或者农业废弃物未经处理直接排入水源的情况。
检测重金属及其他有毒元素
重金属如铅、汞、镉等，以及其他有毒元素如砷、氢硼酸盐等，它们具有极强的大地层积累能力，一旦进入地下或表面的淡水系统，就难以彻底去除。一旦被人类摄入，无论是通过饮用受污染之水还是食用受污染之植物，都可能引发严重健康问题甚至死亡，因此必须加以监控并控制其浓度水平。
监测农药残留与药品残留
现代农业普遍使用农药来防治害虫和病虫，以提高作物产量，但遗忘了这些化学品一旦滥用或无意泄漏后，其残留在土壤和地下供给层中的情况将持续很长时间。而且，这些化学品也常见于医疗废弃物，如果没有妥善处理，也会渗入到周围环境中，如河流湖泊。此外，即使经过了回收利用，也有一定的可能性被排放回环境当中，最终进入饮用水系统。
探究微生物及病原体分布
微生物群落结构变化往往预示着环境质量状况恶化。例如，对抗某些疾病非常关键的是保持良好的肠道微生态平衡。但如果这种平衡受到破坏，比如由于工业廃棄物或者畜牧业废弃产品直接排放至环境，那么就容易产生耐药性的细菌，从而导致传播更具危险性的疾病。此外，还包括调查潜伏感冒细菌，如结核杆菌及其它能够致命传播性疾病来源的问题。
