水体自净能力
在自然条件下，水体具有自我净化的能力。例如，河流和湖泊中的水质可以通过沉淀、过滤和氧化等过程来清除污染物。在这个过程中，微生物对有机污染物进行降解，而植物叶片则吸收氮和磷两种营养元素，有助于减少水体中营养盐的含量，从而促进微生物生长，并提高整体水质。
生态平衡
一个健康的生态系统是维持良好水质的关键因素。在这种系统中，每个部分都扮演着不可或缺的角色。例如，小型鱼类通过捕食浮游动物来控制它们的大规模繁殖，从而防止这些浮游动物过度繁殖导致藻 bloom。而在底层，则有甲壳类动物帮助分解死尸和其他有机碎屑，保持河床泥土富饶。
化学参数控制
化学参数如pH值、悬浮固体（SS）、悬浮可溶性固体（TSS）、化学需氧量（COD）及生物酸化需氧量（BOD5）等，对判断是否达到正常范围至关重要。对于新鲜饮用水标准来说，一般要求COD不超过0.5mg/L，而BOD5通常低于1mg/L；悬浮固体一般不超出10mg/L以上，以确保人为活动不会对环境造成太大影响。
微生物活力
微生物群落是评估淡水质量的一个重要指标，它们能够转化各种有机物并释放气泡，以改善透明度。此外，不同类型的细菌还能分解特定的污染物，如硝酸盐分解菌能够将硝酸盐转变成无害形式。此外，还有一些细菌能够生产抗生素，这些抗生素对某些细菌甚至病毒具有抑制作用，因此其存在也反映了环境的一定程度上的安全性。
物理状态评价
物理状态包括温度、透明度以及总硬度等指标。这一系列数据提供了关于给定区域潜在使用或受众可能感受到的环境变化信息。比如，如果温度异常高或者低，这可能表明当地气候正在发生变化，也许会影响到当地农作物产量或者野生动植物栖息地。如果透明度很差，那么光照不足可能会影响到植被发育，也可能限制渔业资源利用。
