微波杀菌的原理是利用高频率的电磁波对生物体进行热效应，通过在物质内部产生摩擦力，使其温度迅速升高，从而达到杀死或抑制细菌生长的目的。这种方法不仅安全、高效，而且对食品结构和营养成分几乎无损害。
首先，微波炉内部含有转换器，将家用电变换为适用于微波传输的非离散形式，即连续波。在这个过程中，水分子吸收了大量能量，并且由于其振动频率与发射频率相匹配，这种能量被有效地转化为热能。这种现象称为水蒸汽共振效应，是使得微波加热如此高效的一个关键因素。
其次，在加热过程中，由于水分子的高速振动，它们之间发生碰撞，从而将周围介质中的其他分子也加热起来。这一过程导致了整体温度升高，使得所有含水部分都能够迅速达到一个足够高的温度，以便杀死或抑制病原体，如大多数细菌、真菌和某些病毒。
再者，微波加热可以实现局部加温，即使在食品表面不透明的地方，也能够均匀地传递到食材深层区域，这样做可以确保整个食品都达到了一致的消毒效果。此外，由于无需直接接触食材，因此减少了污染风险，同时操作简单方便，不需要过多的人力投入。
此外，随着科技发展，一些现代厨房设备还会结合智能控制系统，比如感温探头等，可以监测食品内部温度变化并自动调整功率输出以保证最佳杀菌效果。此类技术极大地提高了微波烹饪和灭菌的手性灵活性，对于处理不同类型和大小的食物尤为重要。
最后值得注意的是，无论是从环境保护还是资源利用上来说，加温速度快、耗时短、能源节约都是micro-wave oven（即我们所说的普通家庭用餐具）的一个显著优势。这对于经济型小型企业或者个人用户来说尤其具有吸引力，因为它既可用于快速准备简易餐点，又可作为一种低成本但又有效的手段来保持工作场所卫生条件良好。
